Заманчивые цели объявленной «перестройки» вызвали надежды у азербайджанского народа, особенно интеллигенции. Среди народа распространялись демократические идеи. Обеспокоенный этим Центр, с целью сохранения контроля над имеющим важное геополитическое значение Азербайджана, а следовательно, и всем Южным Кавказом, вновь обострил «проблему Нагорного Карабаха».
В 1988 году с территории Армении, из своих родных очагов — 185 селений и других населенных пунктов, было изгнано 230 тысяч азербайджанцев. После первых армянских митингов в Ханкенди в феврале 1988 года первая волна беженцев из Армении прошла через Губадлы. Часть избитых и униженных азербайджанцев, изгнанных из Сисиана, Гафана, Гёруса, приняли губадлинцы. Понимая стратегическое значение Губадлы, расположенного между Арменией и Нагорным Карабахом, армяне устраивали здесь террористические и диверсионные акты.
Армянская сторона пыталась создать коридор через Губадлы в Нагорный Карабах, с целью поставок сепаратистам оружия и боеприпасов. В сентябре 1989 года поступили сведения о том, что из Гёруса по дороге Языдюзю к Губадлы приближается кортеж из 150-160 автомобилей в сопровождении бронированной техники советских войск. В течение часа народ поднялся на ноги. Все дороги были перекрыты. Безоружные люди на границе преградили путь колонне машин. В город Ханкенди колонну автомобилей не пропустили. К сожалению, возвращенная назад колонна автомобилей после недельной стоянки в селении Хинзарак в Гёрусе сумела через дорогу Шуша-Лачин попасть в Ханкенди, а сопровождавшая колонну бронетехника учинила кровавые трагедии в самом Лачине.
Губадлы граничит с Арменией на протяжении 120 км. Именно с территории Армении совершалась агрессия и обстреливались пограничные селения Губадлы — Алигулуушагы, Меликмамедли, Сейтас, Эйвазлы, Гадили, Довудлу, Новлу, Юхары Джибикли, Айин, Чардахлы, Таровлу, Фарджан, Гёйал, Салдаш, Чарали.
В конце 1989 года положение в районе резко ухудшилось. На встрече местных старожилов и интеллигенции решили, что, прежде чем принимать в районе необходимые меры, следует обратиться к правительству республики. С этой целью 6 января 1990 года в Баку была отправлена делегация. В Совете Министров их принял Ф.Мустафаев, который заверил, что в ближайшее время армяне получат достойный ответ. Район не дождался помощи.
По инициативе Алияра Алиева был создан первый территориальный батальон самообороны. Занимаясь патрулированием на границе, отряды самообороны совместно с силами милиции предотвращали нападения, диверсионные акты противника. На плечи районного отделения милиции выпала задача, не соответствующая стандартам его служебной деятельности.
Сотрудники районной милиции стояли на сторожевых постах в пограничных селах, предотвращали провоз со стороны Армении в Нагорный Карабах через территорию Губадлы агитационно-идеологических материалов, оружия и боеприпасов. Губадлинцы защищали родную землю, а также оказывали помощь соседним районам.
Только в боях за село Гюллиджа Агдамского района погибло 30 солдат из Губадлы. Последнее сражение командира батальона Алияра Алиева произошло 3 октября 1992 года на высоте Шурум города Лачына. В дальнейшем, ему присвоили звание Национального Героя Азербайджана, за мужество и храбрость, проявленные при защите суверенитета и территориальной целостности страны, обеспечении безопасности мирного населения.
Среди погибших в боях за Губадлы были и другие — Кязымага Керимов, Агиль Мамедов, Василий Алиев, Керем Мирзоев, Бейляр Агаев, Аслан Атакишиев, Алекпер Алиев, Сафа Ахундов. Всех их удостоили звания Национальных Героев Азербайджанской Республики.
Вооруженные силы Армении 10 декабря 1992 года вторглись в Губадлинский и Зангиланский районы Азербайджана, захватили и сожгли несколько сел. 3 апреля был захвачен Кяльбаджарский район.
Между тем, мятеж в Гяндже в июне 1993 года ещё более усугубил положение. Возглавляемая Суретом Гусейновым 709-я военная часть не подчинялась Министерству обороны. Власть не могла справиться с военной оппозицией. Азербайджан оказался перед угрозой распада. Аликрам Гумбатов, используя находящиеся в его распоряжении вооруженные силы, пытался захватить власть в южных районах страны и создать «республику». Вооруженными бандитами из сепаратистской организации «Садвал», грезящей идеей создания государства «Лезгистан», устраивались провокации в северо-восточных районах республики. Была создана почва для гражданской войны.
Власти, осознав, что не в силах остановить опасные процессы, в последний момент обратились за помощью к Гейдару Алиеву. 15 июня 1993 года Гейдара Алиева избрали председателем Верховного Совета Азербайджанской Республики. Для предотвращения гражданской войны он пошел на политические маневры.
Летом и осенью 1993 года на Азербайджан обрушились новые удары. Используя политический кризис в Азербайджане, армянская сторона пошла в наступление. После захвата летом 1993 года части Джабраильского и Физулинского районов создалась реальная угроза оккупации Губадлинского района.
Опытного военного Нусрета Намазова 22 августа 1993 года назначили на должность командира бригады в Губадлы. Но силы были неравными. 23 августа армянские вооруженные силы начали из Гапана, Гёруса, Лачына, Гадрута и Джабраила крупномасштабное наступление в направлении Губадлинского района. В большом количестве использовалось автоматическое оружие, артиллерия, бронетехника.
С восточной стороны большая часть территории района осталась беззащитной. Несмотря на то, что местное население, начиная с расположенных вдоль реки Хакара селений Зиланлы, Махрузлу, Ханлыг и до Башаратской зоны, взялось за оружие, силы были неравны. 30 августа армянские вооруженные формирования при поддержке сильной военной техники с направления зоны Гяйан, обороняемой только гражданским населением, перешли в наступление. Основной удар направили на Ханлыг. Несмотря на противостояние в неравном бою, армянские танки ворвались в деревню. Вошедшие в район в направлении расположенных вдоль реки Хакара селений Мурадханлы, Баласолтанлы, Ходжик армянские формирования сжигали селения и уничтожали мирное население. Гражданское население покидало район. 31 августа Губадлы был полностью оккупирован.
10 сентября 1993 года исполнявший обязанности президента Азербайджанской Республики Г.Алиев в заявлении, сделанном на специальной пресс-конференции отметил в связи с оккупацией Губадлинского района: «В последнее время соответствующими органами Азербайджанской Республики были проведены прямые переговоры с силами, правящими в Нагорном Карабахе. В результате этих встреч была достигнута договоренность о прекращении огня. Это было 31 августа. Однако после этого вооруженными силами Армении был полностью захвачен и оккупирован Губадлинский район».
И далее: «Эти земли были местом чести и изобилия трудолюбивых людей. Губадлинцы неприступной крепостью стояли на пути, ведущим из Армении в Карабах, Лачын, Кяльбяджар. Я был сильно потрясен оккупацией Губадлы».
До оккупации население Губадлы составляло примерно 30,000 человек. В боях за Губадлы погибло 54 человека, за оборону района погибло 12 сотрудников местного отделения милиции. В карабахской войне погибло 238 жителей Губадлы, 146 стали инвалидами. 94 селений и поселков, 205 культурно-бытовых объектов района было сожжено и разграблено, 12 исторических памятников были уничтожены.
Во время захвата Губадлы был разграблен Губадлинский историко-краеведческий музей, в котором хранилось более 5 тысяч редких экспонатов. Храм IV века, расположенный в ущелье «Гавур», памятники V века «Галалы» и «Гёй-гала», построенный в XIV веке мавзолей «Дамирчиляр», мост Гаджи Бадал, мост Лалазар, а также расположенные в селениях Айин, Юсифбейли, Сейтас, Гарагаджлы, и другие исторические памятники на долгие годы остались под оккуцией.
До оккупации на территории района было 94 населенных пунктов, в частности 1 город и 93 селения. Административным центром был город Губадлы. Население полностью состояло из азербайджанцев. Большая часть населения проживала в долинах рек Баргушад и Хакари и в горных зонах. Основу экономики составляло сельское хозяйство. До оккупации в районе занимались зерноводством, табаководством, виноградарством, шелководством и животноводством.
В связи с третьей годовщиной оккупации Губадлинского, Физулинского и Джабраильского районов, на встрече с представителями общественности этих регионов (7 сентября 1996 года), Гейдар Алиев, отметив, что в трудные дни был рядом с людьми, изгнанными из родных очагов, говорил губадлинцам: «Губадлинский район в целом был животноводческим районом, но мы одновременно развивали там табаководство, а также посадили виноградники. Экономика района сразу изменилась. Все это создало людям прекрасные условия для строительства новых домов, собственности, улучшения жизненных условий, развития культуры. Все это теперь потеряно и владельцы этих богатств и собственности живут в палатках в различных регионах республики в положении беженцев. Безусловно, это мучительно для вас, но знайте, что это очень больно и для меня».
В 1990-х гг. жителей Губадлы, которые стали вынужденными переселенцами, разместили в 42 разных районах Азербайджана. Свыше 22,000 губадлинцев разместилось в Сумгаите. В городе Баку и окружающих его поселках, в Абшеронском районе поселилось 11,8 тысяч человек. В сельских районах поселилось 1,2 тысячи человек.
Самой острой проблемой, с которой столкнулись переселенцы, был жилищный вопрос. Хотя население оккупированных районов в первое время в основном жило в тяжелых условиях в палатках, железных вагонах, недостроенных зданиях без кровли, однако по мере укрепления своей политико-экономической силы, Азербайджан стал на более высоком уровне заниматься вынужденными переселенцами и сконцентрировал все силы в направлении комплексного решения их проблем.
В частности, Гейдар Алиев смотрел на проблему беженцев и вынужденных переселенцев как на проблему номер один в стране: «Проблемы граждан, изгнанных со всех оккупированных районов и сейчас живущих на положении беженцев, вынужденных переселенцев являются проблемой номер один для нас и лично для меня».
До конца 2007 года в Азербайджане ликвидировали 12 палаточных лагерей. Одновременно в стране были ликвидированы 16 поселков финского типа, у которых истек срок эксплуатации.
За период 2001-2012 годов за счет средств выделенных из Нефтяного Фонда Азербайджанской Республики и других источников были построены 77 современных поселков, обеспеченных всей необходимой социально-технической инфраструктурой.
В ходе второй Карабахской войны, азербайджанская армия 25 октября 2020 года освободила Губадлы. В этот день президент Азербайджана Ильхам Алиев сообщил об освобождении от оккупации нескольких сел Зангиланского, Джебраильского и Губадлинского районов, а также города Губадлы. Согласно официальным документам, 5,867 военнослужащих, проявивших мужество и отвагу при участии в боевых действиях в ходе освобождения Губадлинского района, наградили медалью «За освобождение Губадлы». После освобождения района начались восстановительные работы, включая разминирование территорий.
По материалам книги «Губадлы: ворота древней Азербайджанской земли Зангезур»